この仕様は知らなかったのでメモ。

最後にワークフローの Cron スケジュールにコミットしたユーザーが組織から削除されると、スケジュールされたワークフローは無効になります。

ワークフローをトリガーするイベント - GitHub Docs

解決策

リポジトリへの write アクセス許可を持つユーザーが Cron スケジュールを変更するコミットする場合、スケジュールされたワークフローが再アクティブ化されます。 この状況では、ワークフロー ファイルの変更によってワークフローが再アクティブ化されることはないことに注意してください。cron 値を変更し、この変更をコミットする必要があります。

書いてあるとおり、cronの値そのものを変えなければいけない点に注意(スケジュールを変えたくない場合に不便だ…)。

on:
  schedule:
    - cron: "15 4,5 * * *"   # <=== Change this value