この仕様は知らなかったのでメモ。

最後にワークフローの Cron スケジュールにコミットしたユーザーが組織から削除されると、スケジュールされたワークフローは無効になります。

ワークフローをトリガーするイベント - GitHub Docs

解決策

リポジトリへの write アクセス許可を持つユーザーが Cron スケジュールを変更するコミットする場合、スケジュールされたワークフローが再アクティブ化されます。 この状況では、ワークフロー ファイルの変更によってワークフローが再アクティブ化されることはないことに注意してください。cron 値を変更し、この変更をコミットする必要があります。

書いてあるとおり、cronの値そのものを変えなければいけない点に注意(スケジュールを変えたくない場合に不便だ…)。

on:
  schedule:
    - cron: "15 4,5 * * *"   # <=== Change this value

GitHub Enterprise における挙動

GitHub Enterprise を利用している場合下記の挙動になるようだ。

最後の actor Enterprise Managed User が IdP によってプロビジョニング解除されておらず、Enterprise 内の特定の organization からメンバーとして削除されただけである場合、スケジュールされたワークフローは、そのユーザーが actor と設定された状態で引き続き実行されます。 同様に、Enterprise Managed Users を使っていない Enterprise の場合、organization からユーザーを削除しても、そのユーザーを actor として持つスケジュールされたワークフローの実行は妨げられません。

ref. ワークフローをトリガーするイベント - GitHub Docs